据介绍，由于资源开发利用程度较高，导致湖泊富营养化、污染程度较高。有人认为，氮磷等物质落到湖底沉积后会散发出有害物质，造成进一步污染，提出应将底泥挖掉。但是，这一湖底清淤的方式，并不适合长江中下游诸如太湖、巢湖这样广阔的水域。例如玄武湖，曾花费大量人力、财力清淤，却因浅水湖底泥的化学反应与深水湖相反而收效甚微。

由此，专家认为，可通过种植水生植物，控制底泥化学污染元素的释放，过滤水中的氮磷等污染物质。目前，太湖已在梅梁湾进行试点，摸索通过种植水生植物使水质变清的新办法。